Biyoloji felsefesi biyolojiyle ilgili felsefi problemlerle ilgilenen felsefe alt dalıdır. Biyolojik açıklamanın doğası, biyolojinin yöntemi, indirgemecilik gibi tartışmaların yanı sıra biyolojiye dair kavramsal ve metodolojik problemlerle de ilgilenir. Başta evrimsel biyoloji olmak üzere gelişim biyolojisi, popülasyon biyolojisi, genetik gibi pek çok biyoloji alt dalına dair felsefi problemler de bu alanda konu alınır. Biyoloji felsefesinin ilgilendiği bazı problemler şunlardır:

a) Biyolojinin fizik ve kimya yasalarına benzer, deneysel olarak öğrendiğimiz ve dolayısıyla a priori istatistiksel yasalardan ibaret olmayan kendine has yasaları var mı?

b) Biyoloji kimya ve fiziğe indirgenebilir mi?

c) Organların fonksiyonlarının olduğundan bahsediyoruz. Bunun yanı sıra bir organın fonksiyonunu gerçekleştirememesinden bahsedebiliyoruz. Mesela göremeyen bir gözün bir şekilde hatalı olduğunu söylüyoruz. Bu durumda fonksiyon kavramı normatif, yani bir şeyin nasıl olması gerektiğini söyleyen bir kavram olmuyor mu? Bu normatif kavram biyolojinin gerçekten normatif kavramlar içerdiğini mi gösterir yoksa fonksiyon kavramını normatif olmayan kavramlara indirgeyebilir miyiz?

d) Hangi tür tanımını benimsemeliyiz ve buna nasıl karar vermeliyiz? Türlerin gerçekten var olduklarını mı kabul etmeliyiz yoksa onları kullanışlı kurgulardan ibaret mi görmeliyiz?

e) Evrimde herhangi bir türde ilerleme olduğundan bahsedebilir miyiz? Bütün evrimsel sürecin belli bir doğrultusu olduğundan bahsedebilir miyiz? Evrimsel ilerleme ve doğrultu kavramları mutlaka doğayı aşan bir amaçtan bahsetmemizi gerektirir yoksa bunlar biyolojinin doğa üstü unsurları olmadığı düşüncesiyle uyumlu kavramlar mı?