Bu faktörler bitkinin genetik yapısından kaynaklanır. Bunlar bitkinin bulunduğu ortama uyumunu sağlar.

Kloroplast sayısı

Fotosentez kloroplastlarda gerçekleştiği için kloroplast sayısının fazla veya az olması bitkinin fotosentez hızını etkiler. Yaprağın mezofil tabakasındaki palizat parankiması hücrelerinde daha çok kloroplast bulunduğu için fotosentez hızı da fazladır.

Yaprak yapısı ve sayısı

Bitkinin yaprak genişliği arttıkça hem kloroplast miktarı hem de ışıktan yararlanma yüzeyi artacağından fotosentez hızlanır. Ayrıca yaprağın sayısı ne kadar fazla ise fotosentez o kadar hızlı olur. Çünkü kloroplast miktarı da artmış olur. Ayrıca yaprağın konumu da fotosentezi etkiler. Doğrudan ışık alan yaprak ile daha altlarda kalan yaprağın ışık alma durumları farklı olduğundan fotosentez hızları da farklı olur.

Stoma sayısı ve konumu

Stomalar yaprağın gaz alışverişini sağlar. Bunların sayısı gaz alışverişini etkilediği için fotosentez üzerinde de etkilidir. Ayrıca stomaların epidermisin girintisinde veya çıkıntısında olması da fotosentez hızını etkiler.

Kütikula kalınlığı

Bitkinin su kaybını engelleyen mumsu bir tabakadır. Aynı zamanda gaz alışverişini olumsuz etkiler. Kütikula, kurak bölge bitkilerinde kalın, nemli bölge bitkilerinde ve su bitkilerinde ise incedir.

Alinti