NGS teknolojileri, DNA ve RNA’nin benzeri gorulmemis bir hizda dizilenmesine, potansiyel surucu genlerin ortaya cikarilmasina ve yeni biyolojik uygulamalar yaratilmasina izin vermistir. Son on yilda, NGS, kanserdeki surucu genetik mutasyonlari tespit etmek ve tumorijenez hakkinda yeni bilgiler saglamak icin kullanilmistir. NGS ile malign plevral mezotelyomayi (MPM) arastirmak icin yapilan ilk calismada dort hastanin, RNA ekspresyon seviyelerini ve mutasyonlarini karakterize etmek icin shotgun pyrosequencing kullanilmis ve dort transkriptomda birkac farkli mutasyon bulunmustur. Ek olarak, RNA duzenleme gen delesyonlari ve gen susturma tanimlanmistir. 2010 yilinda, bir MPM tumorunun ilk tam genom dizisi ve eslesen normal doku, sentez yoluyla dizileme ve piroz dizileme metodolojilerinin bir kombinasyonu kullanilarak gerceklestirilmistir.


Malign Plevral Mezotelyomanin Ekzom Dizileme CalismalariBu calisma, bu tumordeki anoploidi ve kromozomal yeniden duzenlemelerin nokta mutasyonlarindan daha fazla oldugunu gosterir. Dipeptidil peptidaz benzeri 10 (DPP10) genindeki buyuk bir silme, karsilik gelen transkriptin ekspresyonunu degistirerek 53 ek MPM tumorunde daha da arastirilmistir. Ifade eden hastalar DPP10 eksIk hastalar ile karsilastirildiginda istatistiksel olarak daha uzun sagkalim DPP10 ekspresyonu gozlemlenmistir. 2016 yilinda Bueno ve ekibi, MPM’nin mutasyonel manzarasinin kapsamli bir analizini yapmislardir. Doksan dokuz MPM tumoru tam ekzom dizileme ile incelenirken, ek 103 ornek hedeflenen ekzom dizileme ile karakterize edilmistir. BAP1, NF2, TP53, SETD2, DDX3X, ULK2, RYR2, CFAP45, SETDB1 ve DDX51’in onemli olcude mutasyona ugradigi, SF3B1 ve TRAF7’de tekrarlayan mutasyonlar bulunmustur.


2018 yilinda, Kanser Genom Atlasi (TCGA) programi, ekzom dizileme, kopya sayisi dizileri, mRNA dizileme, kodlamayan RNA profilleme, DNA metilasyonu ve ters faz protein dizileri dahil olmak uzere 74 birincil MPM orneginin kapsamli bir molekuler profili cikarilmistir. Bu calismada onemli olcude mutasyona ugramis genler BAP1, NF2, TP53, LATS2 ve SETD2’dir. Ayrica, bu calisma yeni bir haploide yakin molekuler MPM alt tipi tanimlamislardir. TCGA calismasi, Bueno ve TCGA kohortlari arasinda onemli olcude mutasyona ugramis genlerin bir karsilastirmasini gerceklestirmislerdir. Bu analiz, her iki calismada da sIklikla mutasyona ugrayan bes geni tanimlamistir; BRCA1 ile iliskili protein-1, norofibromin 2, tumor proteini P53, 2 iceren SET alani, histon lizin metiltransferaz ve SET alan bifurkat histon lizin metiltransferaz 1’dir.


BAP1
BAP1, MPM’de sIklikla silinen bir bolge olan 21.1. Pozisyonunda kromozom 3’un kisa (p) kolunda bulunur. Bu gen, hucre dongusu regulasyonunda, gen transkripsiyonunun modulasyonunda, hucresel farklilasmada ve DNA onariminda rol alan bir deubikuitinazi kodlardir. BAP1, MPM’deki en yaygin mutasyona ugramis genlerden biridir. Germline BAP1 mutasyonlari, uveal ve kutanoz melanomu, atipik spitz tumorlerini, renal hucre karsinomunu ve MPM’yi iceren BAP1 tumor yatkinlik sendromunun gelisimi ile iliskilendirilmistir. MPM disindaki tum bu malignitelerde, BAP1 haric mutasyonlar kotu prognozla iliskilidir. Aksine, bazi calismalar, BAP1 mutasyonlari tasiyan MPM’li hastalarin vahsi tip BAP1 hastalarina kiyasla daha uzun genel sagkalima sahip oldugunu gostermistir.
Bir calismada, BAP1 immunohistokimyasi, 229 MPM tumor iceren doku mikrodizi kullanilarak gerceklestirilmistir. Sonuclar, nukleer BAP1 boyamasi olan hastalarda, BAP1 nukleer boyama kaybinin 16,11 aylik daha uzun medyan sagkalimla iliskili oldugunu gostermistir. Baumann vd. 23 hastada germ hatti mutasyonlari tasiyan MPM’li 23 hastada sagkalimi karsilastirmistir. BAP1 Gozetim, Epidemiyoloji ve Son Sonuclar (SEER) veritabanindan bir kontrol grubu MPM hastasi ile ve BAP1 mutasyonu olan hastalarda uzun vadeli sagkalimda 7 kat artis bulmuslardir. MPM’deki prevalansi goz onune alindiginda, IHC tarafindan nukleer BAP1 ekspresyonunun kaybi, MPM’de tanisal bir belirtec olarak yaygin olarak kullanilmaktadir.


Son zamanlarda, BAP1 durumu ilac yaniti ile iliskilendirilmistir. I in Vitro calismalar tasiyan MPM hucre cizgileri gosterirken BAP1 mutasyonlar, vahsi tip hucrelere kiyasla, gemsitabin onemli olcude daha az duyarli kalmistir. Susturma BAP1 MPM yabani tip hucrelerde onemli olcude bir rolu oldugunu dusundurmektedir. Kumar vd. MS01 denemesinde 60 hastadan alinan MPM tumorlerinde IHC tarafindan nukleer BAP1’in varligini veya yoklugunu analiz eden retrospektif bir calisma gerceklestirmistir. Nukleer BAP1 ekspresyonu, vinorelbin ile tedavi edilen hastalarda hayatta kalmada kucuk, ancak istatistiksel olarak anlamli olmayan bir azalma ile iliskilendirilmistir.



NF2
NF2, 12.2 konumundaki kromozom 22’nin uzun (q) kolunda bulunur ve 22. kromozom kaybi, MPM’de yaygin bir degisIkliktir. Bu gen, hucre buyumesi, adhezyonu ve mikrotubul stabilizasyonunda yer alan anahtar sinyal yollarini duzenleyen merlin (mozezrin-radiksin benzeri protein) veya schwannomin olarak bilinen bir proteini kodlardir. Germ hatti mutasyon ya da kromozomal silme NF2 kraniyal ve periferik sinir tumorleri hem de menenjiyom ve ependimoma ile iliskilidir. NF2’deki germ hatti mutasyonlari da MPM ile iliskilendirilmistir, ancak hem norofibromatozis tip 2 sendromlu hem de MPM’li hastalar oldukca nadirdir. Son calismalar, NF2 mutasyonlarinin MPM’nin % 14-19’unda meydana geldigini gostermistir. Ek olarak, karyotip veya FISH analizleri, % 56 MPM’lerin 22q kromozom kaybi gosterdigini gostermistir. 22q delesyonlari, epiteloid olmayan MPM’den daha sIk olarak epiteloid ile iliskilidir.


2009 yilinda yapilan bir calisma onersinde NF2 upstream duzenleyiciler ile inaktive edilebilir MPM tumorler burada bir NF2 sapmalari tespit edilebilir. 204 MPM hastasi uzerinde yapilan bir arastirmada, dusuk sitoplazmik merlin ekspresyonunun daha kisa rekurens araligini ve daha kisa genel sagkalimi ongordugu bulunmustur. Lopez-Lago vd. MPM hucre hatlarinda merlin kaybi ve mTORC1 aktivasyonu arasindaki iliskiyi arastirmis ve merlin negatif veya merlin tukenmis hucre hatlarinin rapamisinin buyumeyi inhibe edici etkisine daha duyarli oldugunu bulmuslardir. 2014 yilinda, dusuk merlin ekspresyonunun MPM hucre hatlarinin FAK inhibitoru VS-471’e artan duyarliligi ile iliskili oldugu bulunmustur. Bununla birlikte, klinik calismalarda, FAK inhibitoru defaktinib, MPM’li hastalarda birinci basamak kemoterapiden sonra progresyonsuz veya genel sagkalimi iyilestirmemistir.

TP53
17p31.1’de bulunan TP53, transkripsiyonu duzenleyen ve DNA hasari varliginda hucre apoptozunu kontrol eden bir tumor baskilayici islevi olan diziye ozgu bir DNA baglayici protein olan tumor proteini p53’u (p53) kodlardir. Genomun koruyucusu olarak adlandirilan p53, kontrol noktasi kontrolu, hucresel yaslanma ve BCL-2 aracili apoptoz gibi bircok hucresel surecte rol oynar. TP53, genel olarak, kanserler hastaliginda en sIk degistirilen gendir. MPM’deki TP53 mutasyonlarinin farkli calismalarda sIkligi degiskendir, ancak genel olarak diger kati tumorlerden cok daha dusuktur.


Malign Plevral Mezotelyomanin Ekzom Dizileme CalismalariTP53 onemli olcude daha kadinlarda sIk mutasyona ugramistir, butun numuneler iki buyuk MPM calismalari dahil erkekler (17/169, % 10) (Fisher p = 0.044) ile karsilastirildiginda (10/40, % 25) analiz edilmistir. Ayrica Bueno ve ekibi TP53 mutasyonu olan MPM hastalarinin vahsi tip TP53 olanlara gore daha kisa genel sagkalima sahip olduklarini bildirmislerdir.

AYAR2
SETD2, 3p21.31 ile eslesir ve epigenetik mekanizmalar yoluyla transkripsiyonu duzenleyen histon H3’un lizin-36’sina ozgu bir histon metiltransferazi kodlardir. Inaktive edici SETD2 mutasyonlari coklu kanserlerde tanimlanmistir. Ozellikle, hedeflenen sekanslama, berrak hucreli renal hucreli karsinom tumorlerinde SETD2 bi-allelik inaktivasyonunu ortaya cikarmis ve ilk kez SETD2’nin tumor olusumuna katkida bulunabilecegini dusundurmustur. MPM’de, SETD2’deki tek nukleotid mutasyonlari ve 3p kayiplari sIklikla gozlenir. Son bir kac yil icinde, SETD2 degisIklikleri, birkac kanserde DNA’ya zarar veren kemoterapiye direnc mekanizmalari ile iliskilendirilmistir.


AYARLAR1

SETDB1, MPM’de sIklikla silinen baska bir bolge olan 1q21’de konumlandirilmistir ve histon H3’un Lys-9’unu trimetile eden histon-lizin N-metiltransferaz SETDB1’i kodlardir. Bir epigenetik modulator olarak SETDB1, embriyonik gelisim, adiposit farklilasmasi ve iltihaplanma gibi cesitli biyolojik sureclerde kritik bir role sahiptir. Ayrica P13K-AKT ekseni, p53, STAT1-CCND1 / CDK6 ekseni ve gen promoter metilasyonu dahil olmak uzere cesitli sinyal yollarinin duzenlenmesini saglar.
Hedeflenen derin siralama, MPM’li hastalarin % 10’unda somatik SETDB1 mutasyonlarini ortaya cikarmistir. SETDB1’deki mutasyon ile sagkalim arasinda anlamli bir iliski bulunmamistir. SETDB1’deki mutasyonlar, farkli bir kohorttaki MPM’lerin % 3’unde tanimlanmistir. Hmeljak vd. SETDB1 mutasyonlarinin TP53 ile birlikte mevcut oldugunu ve MPM’nin % 3’unde yogun heterozigotluk kaybinin oldugunu bulmuslardir. Bu nadir genomik alt tip, kadin ve tani aninda daha genc yasla iliskili oldugu bulunmustur.

LATS2
13q12.11’de bulunan LATS2, hucre dongusu regulasyonu, hucre motilitesi ve farklilasmasi gibi genis bir program dizisinde yer alan bir serin / treonin kinazi kodlardir. Kopya numarasi degisIkligi veya mutasyon yoluyla LATS2 kaybi, MPM’de yani sira birkac farkli kanser tipinde tanimlanmistir. 266 MPM orneginden olusan bir kohortta, LATS2’de mutasyonlar, epiteloid olmayan orneklere kiyasla epiteloidde daha dusuk sIklikta olmak uzere orneklerin % 5’inde gozlenmistir. Ek olarak, LATS2 mutasyonlari asbest maruziyeti olmayan hastalarda maruz kalanlara gore daha ******************. MPM yeni molekuler alt grubu tespit edilen diger bir calisma, bir ko-meydana gelen mutasyon ile karakterize LATS2 ve NF2’dir. Bu alt gruptaki MPM hastalarinin prognozu, genel olarak kohortla karsilastirildiginda kotudur.
Birkac arastirma, LATS2’yi Hippo yollarinda yer alan kopyalama duzenleyicisine YAP baglanmistir. Mizuno vd. LATS2’nin inaktivasyonunun YAP asin ekspresyonuna yol actigini, bu da yikildiginda hucre hareketliligini ve in vitro invazyonu inhibe ettigini bulmuslardir. Baska bir calisma, LATS2’nin mezotelyomada YAP aktivitesini baskilayan AJUBA’nin anahtar baglayici ortagi oldugunu gostermistir.



DDX3X
DDX3X, Xp11.4 uzerinde bulunur ve DNA veya RNA tarafindan uyarilan RNA’dan bagimsiz ATPaz aktivitesine sahip ATP’ye bagimli bir RNA helikazi kodlardir. DDX3X, ceviri, transkripsiyonun duzenlenmesi, pre-mRNA splicing ve mRNA aktarimi dahil olmak uzere hem sitoplazmik hem de nukleer islevlere sahiptir. Islevleri karmasIk ve cesitlidir: DDX3X, bazen tek bir kanser turu baglaminda, hem bir onkojen hem de bir tumor baskilayici olarak kabul edilmistir. COSMIC veri tabaninin bir analizi, DDX3’teki genetik anormalliklerin % 12’sinin tumor baskilayicilar icin tipik oldugunu, % 81’inin ise fonksiyon kazanimi icin daha tipik oldugunu bulmustur.


Malign Plevral Mezotelyomanin Ekzom Dizileme CalismalariRYR2

RYR2 1q43’te bulunur ve kalp kasinda yuksek oranda eksprese edilen ancak ayni zamanda duz kasta ve sinir sisteminde bulunan kalsiyum kanallarinin ryanodin reseptor ailesinin bir uyesinin kodlaridir. RyR2 araciligiyla sarkoplazmik retikulumdan sitoplazmaya kalsiyum salinimi miyositlerde kasilmayi tetiklerken, beyinde ogrenme ve hafiza ile ilgili islevlere yardimci olur. Mutasyonlar ragmen RyR2’yi diger kanserler bildirilmis olmasina, RyR2’yi MPM’de mutasyonlar sadece bir calismada tespit edilmistir.

ULK2
Bir Atg1 homologu ve normalde otofagozomlarin zarinda lokalize olan ve ozellikle besin yoksunlugu veya mTOR inhibisyonunda otofajide anahtar rol oynayan bir Atg1 homologu ve serin / treonin kinazi kodlardir. ULK2, astrositom ve kolorektal kanser gelisimi ile baglantilidir ve MPM’de nadir ULK2 mutasyonlari tanimlanmistir. MPM’nin sferoid modellerinde, otofaji ULK1 / 2 inhibitoru MRT 68921 tarafindan basariyla inhibe edilmistir.

DDX51
DDX51, 12q24.33’te bulunur ve 28S rRNA’nin 3 ′ ucunun olusumu icin gerekli bir ribozom sentez faktorudur. DDX51’in anormal islevi NSCLC, losemi ve meme kanseri ile iliskilendirilmis ve MPM’de az sayida DDX51 mutasyonu bulunmustur.

ALİNTİ ~