Genom Dizilimi Nadir Hastalik Tanisinda Nasil Kullanilir?
NHS’de tum genom diziliminin kullanilmasina onculuk eden bir arastirma programi, yuzlerce hastayi teshis etmistir ve hastaligin yeni genetik nedenlerini kesfetmistir. Tum genom dizilemesi, hukumetin NHS’de rutin genetik teshis testlerini tanitmayi amaclayan bir hizmet olan 100.000 Genomes Projesi tarafindan kullanilan teknolojidir. Genomics England ile birlikte Ulusal Saglik Arastirmalari BioResource Enstitusu’ndeki arastirmacilar tarafindan yurutulen bu calisma, cok sayida bireyin tum genomlarinin standart bir sekilde siralanmasinin nadir gorulen hastalarin tani ve tedavisini iyilestirebilecegini gostermektedir.
Arastirmacilar, beyin, gozler, kan veya bagisIklik sistemi gibi farkli dokulari etkileyen benzer semptomlara sahip hasta gruplarinin genomlarini incelemislerdir. Erken gorme kaybi olan bir grup hastada bireylerin % 60’i icin genetik tani koymuslardir. Sonuclari Nature dergisinde iki makalede yayimlanan program, klinik genomikte dunyada bir ilk olan entegre bir saglik sistemi icinde nadir hastaliklari olan hastalara tani amacli bir test olarak tum genom dizilimi sunmustur. Genetik arastirmanin NHS teshis sistemleriyle entegrasyonu, hastanin teshis alma olasiligini ve teshisin aylar yerine haftalar icinde yapilma olasiligini arttirmaktadir.
Her yil yaklasIk 40.000 cocuk sadece Ingiltere’de nadir gorulen kalitsal bir hastalikla dogmaktadir. Ne yazik ki, teshis edilmesi ortalama iki yildan fazla surmektedir. Bu odyssey’i hastalar ve ebeveynler icin kisaltmanin hayati onem tasidigi dusunulmektedir. Bu arastirma, daha fazla NHS hastasi icin daha hizli ve daha iyi genetik taninin mumkun olacagini gostermektedir. Esas olarak Ulusal Saglik Arastirmalari Enstitusu tarafindan finanse edilen calismada, nadir gorulen hastaliklari olan yaklasIk 10.000 NHS hastasinin tum genomlari siralanmis ve durumlarinin genetik nedenleri arastirilmistir. Daha once, tamamen yeni genetik hastaliklara neden olan genetik farkliliklarin yani sira, bilinen nadir hastaliklara neden olan gozlemlenmemis genetik farkliliklar tanimlanmistir. Ekip, cogu daha once bilinmeyen hastalarin genomlarinda 172 milyondan fazla genetik farklilik tespit etmistir. Bu genetik farkliliklarin cogunun insan sagligi uzerinde hicbir etkisi olmamistir, bu nedenle arastirmacilar hastaliga neden olan farkliliklari bulmak adeta samanlikta igne aramak kadar zordur, bu yuzden yeni istatistiksel yontemler ve guclu super bilgisayarlar kullanilmaktadir.
Nature’da bagimsiz bir makale olarak yayinlanan programdan bir calismada, arastirmacilar 886 hastayi birincil immun yetmezligi olan ve bagisIklik sisteminin mikroplarla enfeksiyonlarla savasma yetenegini etkileyen bir durum incelenmis ve dort yeni iliskili geni tanimlamislardir. Londra’daki UCL Great Ormond Street Cocuk Sagligi Enstitusu’nden (ICH) Profesor Adrian Thrasher Kalitimsal bagisIklik bozuklugu olan hastalar icin en iyi tedaviyi ve en uygun bakimi saglamak kesinlikle kesin bir molekuler taniya bagli oldugunu bildirmistir.
Calismalari, bu baglamda tum genom dizilemesinin degerini ortaya koymaktadir ve bazilari zaten hasta bakimini iyilestirmis olan bir dizi yeni teshis araci sunmaktadir. Ekip, proje icin ozel olarak gelistirilen yeni bir analiz yontemi kullanarak, nadir genetik farkliliklarin istatistiksel olarak nadir gorulen hastaliklarin nedeni oldugu 95 geni tanimlamistir. Bu genlerin en az 79’undaki genetik farkliliklarin kesin olarak hastaliga neden oldugu gosterilmistir.
Her bir hastanin genomunu olusturan 3,2 milyar DNA harfinin neredeyse tamaminda nadir genetik farkliliklar aranmistir. Bu, genellikle genetik farkliliklarin hastaliga neden olabilecegi dusunulen harflerin kucuk bir kismini inceleyen mevcut klinik genomik testlerle celismektedir. Arastirmacilar, genomun tamamini arastirarak, genomun anahtarlari ve dimmerlerini, binlerce genin aktivitesini kontrol eden DNA’daki duzenleyici elementleri kesfedebilmislerdir. Ekip, genin kendisini bozmak yerine, bu anahtarlar ve dimmerlerdeki nadir farkliliklarin, genin dogru yogunlukta acilip acilmayacagini etkiledigini gostermislerdir. Dunya capinda saglik hizmetleri tarafindan halihazirda kullanilan klinik genomik testleri ile nadir hastaliklara neden olan duzenleyici elemanlardaki genetik degisIkliklerin tanimlanmasi mumkun degildir. Sadece genetik kodun tamami her hasta icin analiz edilirse mumkundur. Nadir hastalikli hastalarin tum genomlarinin bir saglik sistemi icinde rutin olarak siralanmasinin, hastalara onceki parca yaklasimindan daha hizli ve hassas bir teshis hizmeti sagladigini ve ayni zamanda hala hastalarin gelecekteki yararlari icin genetik arastirmayi gelistirdigini gostermislerdir.
Ingiltere’de ve yurtdisinda yuzlerce doktor ve arastirmacinin katkilari sayesinde, cok nadir gorulen hastaliklarin nedenlerini belirlemek icin yeterli sayida hasta uzerinde calisabilmislerdir. Her ne kadar bireysel nadir hastaliklar nufusun cok kucuk bir kismini etkilese de, binlerce nadir hastalik bulunmaktadir ve BirlesIk Krallik’ta uc milyondan fazla insani etkilemektedir. Bu zorlugun ustesinden gelmek icin NIHR BioResource, nadir hastaliklari olan hastalarin bakimina odaklanan 57 NHS hastanesinden olusan bir ag olusturmustur. Bu hastanelerde calisan yaklasIk 1000 doktor ve hemsire, hastalarindan ve bazi durumlarda etkilenen cocuklarin ebeveynlerinden NIHR BioResource’a katilmalarini isteyerek projeyi mumkun kilmistir.
Saglik Bakanligi Bilim, Arastirma ve Kanit Direktoru Dr Louise Wood, NIHR BioResource Project’i kurarken, NHS ve daha uzak bolgelerdeki hastalar icin teshis ve tedaviyi iyilestirmek icin kararli bir caba harcamislardir. Sosyal Bakim ve Bas Tibbi Memur Profesor Chris Whitty ile birlikte Ulusal Saglik Arastirmalari Enstitusu’nun genel sorumlulugu bulunmaktadir. Bu bilimsel rapordaki NIHR tarafindan finanse edilen arastirmacilar, bilimi sunabilme ve NHS genelinde klinik uygulamaya donusturme saglamaya calistiklari ilk tartismalarin bir parcasi olmustur. Bu arastirma hastalarin, ailelerinin ve saglik hizmetlerinin hepsi uygun ortamlarda klinik bakimin on saflarina genomik dizilim yerlestirmekten yararlanmaktadir. NHS tarafindan Genomics Ingiltere ve Ingiltere genelindeki akademik arastirmacilar ile ortaklasa yurutulen oncu calismalar, bazi hastalarin neden bu kadar ciddi bir form yasadiklarina dair ipuclari bulma umuduyla ayni genom testini bu yeni hastaligin COVID-19 hastalarina uygulamak icin temel olusturmuslardir.
Mevcut NIHR BioResource calismasindan ortaya cikan verilere ve Genomics England tarafindan yapilan diger calismalara dayanarak, Ingiltere hukumeti Ekim 2018 yilinda NHS’nin kanserli olanlar da dahil olmak uzere genetik hastaligi oldugundan suphelenilen tum ciddi hasta cocuklar icin tum genom sekanslama analizi sunacagini duyurmustu. Tum genomlarin dizilimi, 2024 yilina kadar yilda bir milyon genomda genisletmeyi dusunmektedirler. Tum genom dizilimi, ulusal duzeyde nadir hastaliklarin teshisi icin bakim standardi olarak asamali hale getirilecegi ve ulke genelinde esdeger bakim saglanacagi bildirilmistir. Faydalari arasinda hastalar icin hizlandirilmis bir tani, saglik hizmetleri icin daha dusuk maliyetler, hastalar ve bakicilari icin hastaliga yakalanma nedenlerinin daha iyi anlasilmasi ve iyilestirilmis tedavi saglanmasi yer almaktadir.
|